Начало Второй мировой войны застало «Адмирала Шеера» в ремонте.

Однако уже с лета 1940 года он начал «военную карьеру». Количество подбитых и потопленных "Адмиралом» судов оказалось таким, что он был признан самым успешным судном из всего семейства карманных линкоров.

Ревой его «жертвой» стало английское судно «Мопан». После этого ни одна из атак «Адмирала Шеера» не была неудачной.

Торговые суда, конвои - все попадали под орудия этого карманного линкора.

Он прославился даже тем, что первым из морских кораблей с помощью зенитного орудия сбил самолет противника.

Состояние «Адмирала Шеера» позволяло ему совершать походы далеко в Атлантику, и даже в Индийский океан.

Даже там он нанес урон противнику, потопив 3 судна, а замет за менее чем месяц вернулся назад.

Однако такой поход истощил ресурсы двигателей корабля, и после ремонта и переборки «Адмирал Шеер» был перенаправлен к арктическим водам.

Здесь он участвовал в нескольких военных операциях попеременно то с одним, то с другим карманными линкорами.

К этому времени мнение немецкого командования о карманных линкорах, да и вообще о надводных действиях постепенно изменилось.

На первый план стали выдвигаться боевые операции с участием подводных лодок и авианосцев, в связи с чем все карманные линкоры, которые сохранились к этому времени, постепенно отходили на второй план.

С 1944 года «Адмирал Шеер» перешел в разряд учебных кораблей.

Во время стоянки в Киле в 1945 году корабль был потоплен английскими бомбардировщиками не выходя из дока.