В середине декабря 1940 г. вместе с конвоем, следующим на Мальту, "Malaya" прошел Средиземное море в западном направлении.

В начале 1941 г. его перевели в состав Соединения Н. Линкор участвовал в набеговых операциях на Сардинию (31 января — 4 февраля) и Геную (6—11 февраля).

После прорыва германских линкоров "Scharnhorst" и "Gneisenau" в Атлантику "Malaya" привлекается к эскортированию атлантических конвоев. 7 марта 1941 г. конвой SL-67, в охранении которого он следовал, был обнаружен германскими кораблями, но присутствие английского линкора заставило немцев отказаться от атаки и уйти.

Во время эскортирования следующего конвоя, SL-68, 20 марта "Malaya" атаковала германская ПЛ U-106 в 250 милях к северо-западу от о-вов Зеленого мыса. Торпеда попала в левый борт, вызвав серьезные повреждения. Конвой был немедленно распущен, а линкор ушел на Тринидад для временного ремонта.

Окончательный проводился в США, что стало возможно после принятия в апреле закона о лендлизе. Работы проводились на верфи ВМС США в Нью-Йорке с апреля по июль 1941 г.

По завершении ремонта "Malaya" в октябре вернулся в состав Соединения Н. До марта 1942 г. он действовал в западной части Средиземного моря, проведя за это время несколько конвоев на Мальту. В марте участвовал  в подготовительном этапе вторжения на  Мадагаскар (прикрывал войсковой конвой до Кейптауна).

Предполагалось направить корабль на усиление Восточного флота, но командующий флотом отказался от "Malaya" из-за его недостаточной для Индийского океана дальности хода. Линкор вошел в состав Северо-Атлантического командования, обеспечивая прикрытие атлантических конвоев.

В октябре — декабре 1942 г. он прошел плановый ремонт в Росайте, после чего до начала лета прикрывал конвои на маршруте Фритаун — Кейптаун. В июне 1943 г, "Malaya" вновь вошел в Соединение Н для проводки конвоя на Мальту, затем в июле вернулся в Англию и в составе Флота метрополии участвовал в походе в норвежские воды (с целью отвлечения немцев от готовящейся высадке союзников на Сицилии).

В сентябре — ноябре 1943 г. прошел ремонт. Корабль должен был присоединиться к Флоту метрополии, но вместо этого был выведен в резерв, что позволило высвободить его экипаж для укомплектования команд новых кораблей и судов. За время нахождения в резерве на "Malaya" были проведены работы по усилению зенитного вооружения.